xml_parse_into_struct

(PHP 4, PHP 5)

xml_parse_into_struct — ﾇﾛﾎｽﾂ､ﾂﾎ､ﾋ XML ･ﾇ｡ｼ･ｿ､靉�､ｹ､�

ﾀ篶ﾀ

int xml_parse_into_struct ( resource $parser , string $data , array &$values [, array &$index ] )

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･ﾑ･鬣癸ｼ･ｿ

parser: XML ･ﾑ｡ｼ･ｵ､ﾘ､ﾎｻｲｾﾈ｡｣
data: XML ･ﾇ｡ｼ･ｿ､ﾞ､猝ｸｻ昀｣
values: XML ･ﾇ｡ｼ･ｿ､ﾎﾃﾍ､ﾞ､猊ﾛﾎ｣
index: $values ﾆ筅ﾎﾅｬﾀﾚ､ﾊﾃﾍ､ﾎｾ�熙ｵ､ｹ･ﾝ･､･ｿ､ﾎﾇﾛﾎ｣

ﾊﾖ､�ﾍ

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ﾎ�1 xml_parse_into_struct() ､ﾎﾎ�


<?php
$simple = "<para><note>simple note</note></para>";
$p = xml_parser_create();
xml_parse_into_struct($p, $simple, $vals, $index);
xml_parser_free($p);
echo "Index array\n";
print_r($index);
echo "\nVals array\n";
print_r($vals);
?>

､ｳ､ﾎ･ｳ｡ｼ･ﾉ､ﾂｹﾔ､ｷ､ｿｾ�遑｢ｽﾐﾎﾏ､ﾏｼ｡､ﾎ､隍ｦ､ﾋ､ﾊ､熙ﾞ､ｹ｡｣

Index array
Array
(
    [PARA] => Array
        (
            [0] => 0
            [1] => 2
        )

    [NOTE] => Array
        (
            [0] => 1
        )

)

Vals array
Array
(
    [0] => Array
        (
            [tag] => PARA
            [type] => open
            [level] => 1
        )

    [1] => Array
        (
            [tag] => NOTE
            [type] => complete
            [level] => 2
            [value] => simple note
        )

    [2] => Array
        (
            [tag] => PARA
            [type] => close
            [level] => 1
        )

)

(expat･鬣､･ﾖ･鬣熙ﾈﾍﾑ､ｷ､ｿ)･､･ﾙ･ﾈｶ鏆ｰｷｿ･ﾑ｡ｼ･ｵ､ﾋ､隍�靉�､ﾏ｡｢XML ･ﾉ･ｭ･螂皈ﾈ､ｬﾊ｣ｻｨ､ﾊｾ�遉ﾋﾊ｣ｻｨ､ﾋ､ﾊ､��遉ｬ､｢､熙ﾞ､ｹ｡｣､ｳ､ﾎｴﾘｿﾏ｡｢ DOMｷﾁｼｰ､ﾎ･ｪ･ﾖ･ｸ･ｧ･ｯ･ﾈ､ｸﾀｮ､ｷ､ﾞ､ｻ､ｬ｡｢･ﾄ･遙ｼﾉﾋｰ�｢､ﾎｽ靉�､ﾔ､､ﾆﾀ､�ｽﾂ､ﾂﾎ､ｸﾀｮ､ｷ､ﾞ､ｹ｡｣､ﾄ､ﾞ､遙｢XML､ﾎ･ﾕ･｡･､･�ｽ､ｹ･ｪ･ﾖ･ｸ･ｧ･ｯ･ﾈ､� ﾍﾆｰﾗ､ﾋｺ鋿ｮ､ｹ､�ｳ､ﾈ､ｬｲﾄﾇｽ､ﾇ､ｹ｡｣ｼ｡､ﾎXML･ﾕ･｡･､･�ｫ､ﾆ､ﾟ､ﾞ､ｷ､遉ｦ｡｣､ｳ､ﾎ･ﾕ･｡･､･�ﾇ､ﾏ｡｢･｢･ﾟ･ﾎｻﾀ､ﾎｾﾋｴﾘ､ｹ､�ｮ､ｵ､ﾊ･ﾇ｡ｼ･ｿ･ﾙ｡ｼ･ｹ､ｽ､ｷ､ﾞ､ｹ｡｣

ﾎ�2 moldb.xml - ﾊｬｻﾒｾﾎｾｮ､ｵ､ﾊ･ﾇ｡ｼ･ｿ･ﾙ｡ｼ･ｹ

<?xml version="1.0"?>
<moldb>

  <molecule>
      <name>Alanine</name>
      <symbol>ala</symbol>
      <code>A</code>
      <type>hydrophobic</type>
  </molecule>

  <molecule>
      <name>Lysine</name>
      <symbol>lys</symbol>
      <code>K</code>
      <type>charged</type>
  </molecule>

</moldb>

･ﾉ･ｭ･螂皈ﾈ､靉�､ｷ｡｢ﾅｬﾅﾊ･ｪ･ﾖ･ｸ･ｧ･ｯ･ﾈ､ｸﾀｮ､ｹ､�､､ｯ､ﾄ､ｫ､ﾎ･ｳ｡ｼ･ﾉ

ﾎ�3 parsemoldb.php - moldb.xml ､靉�､ｷ｡｢ﾊｬｻﾒ･ｪ･ﾖ･ｸ･ｧ･ｯ･ﾈ､ﾎﾇﾛﾎﾋﾂ衄�


<?php

class AminoAcid {
    var $name;  // aa name
    var $symbol;    // three letter symbol
    var $code;  // one letter code
    var $type;  // hydrophobic, charged or neutral
    
    function AminoAcid ($aa) 
    {
        foreach ($aa as $k=>$v)
            $this->$k = $aa[$k];
    }
}

function readDatabase($filename) 
{
    // read the XML database of aminoacids
    $data = implode("", file($filename));
    $parser = xml_parser_create();
    xml_parser_set_option($parser, XML_OPTION_CASE_FOLDING, 0);
    xml_parser_set_option($parser, XML_OPTION_SKIP_WHITE, 1);
    xml_parse_into_struct($parser, $data, $values, $tags);
    xml_parser_free($parser);

    // loop through the structures
    foreach ($tags as $key=>$val) {
        if ($key == "molecule") {
            $molranges = $val;
            // each contiguous pair of array entries are the 
            // lower and upper range for each molecule definition
            for ($i=0; $i < count($molranges); $i+=2) {
                $offset = $molranges[$i] + 1;
                $len = $molranges[$i + 1] - $offset;
                $tdb[] = parseMol(array_slice($values, $offset, $len));
            }
        } else {
            continue;
        }
    }
    return $tdb;
}

function parseMol($mvalues) 
{
    for ($i=0; $i < count($mvalues); $i++) {
        $mol[$mvalues[$i]["tag"]] = $mvalues[$i]["value"];
    }
    return new AminoAcid($mol);
}

$db = readDatabase("moldb.xml");
echo "** Database of AminoAcid objects:\n";
print_r($db);

?>

parsemoldb.php､ﾂｹﾔ､ｷ､ｿｸ蝪｢ﾊﾑｿ� $db ､ﾏ｡｢･ｪ･ﾖ･ｸ･ｧ･ｯ･ﾈ AminoAcid､ﾎﾇﾛﾎｭ､ｷ､ﾆ､ｪ､遙｢･ｹ･ｯ･�ﾗ･ﾈ､ﾎｽﾐﾎﾏ､ﾏ｡｢ｼ｡､ﾎ､隍ｦ､ﾋ､ﾊ､熙ﾞ､ｹ｡｣

** Database of AminoAcid objects:
Array
(
    [0] => aminoacid Object
        (
            [name] => Alanine
            [symbol] => ala
            [code] => A
            [type] => hydrophobic
        )

    [1] => aminoacid Object
        (
            [name] => Lysine
            [symbol] => lys
            [code] => K
            [type] => charged
        )

)